Положениями НК РФ предусмотрено, что налоговая база по НДС увеличивается на суммы, полученные за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). Денежные средства, не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), подлежащих налогообложению НДС, в налоговую базу по НДС не включаются.
Следовательно, в случае получения учреждением от контрагента денежных средств на финансовое обеспечение / возмещение затрат, связанных с оплатой приобретаемых товаров (работ, услуг, имущественных прав), суммы указанных денежных средств в налоговую базу по НДС не включаются, поскольку не связаны с оплатой реализуемых учреждением товаров (работ, услуг).
Например, при аренде в случае компенсации / возмещении арендатором затрат арендодателя на основании отдельного договора у последнего суммы компенсации в налоговую базу по НДС не включаются.