Суды трех инстанций поддержали налоговиков, указав, что срок для обращения с заявлением о зачете или возврате налога нужно исчислять со дня его уплаты в бюджет (п. 1 ст. 78 НК РФ). При этом трехлетний срок необходимо исчислять со дня, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать о факте переплаты, если возврат сумм из бюджета осуществляется в судебном порядке. Суды отклонили довод налогоплательщика о том, что трехлетний срок для обращения в суд прерывался совершением инспекцией действий, свидетельствующих о признании долга. А именно, указали, что подписание акта сверки расчетов осуществляется для выявления и устранения расхождений между данными налогоплательщика и налогового органа о состоянии расчетов с бюджетом. Подписание указанного акта не является действием по признанию инспекцией долга, которое прерывает течение срока исковой давности (ст. 203 Гражданского кодекса).
По результатам рассмотрения дела кассационный суд оставил решение суда первой инстанции и постановление суда апелляционной инстанции в силе, а кассационную жалобу налогоплательщика – без удовлетворения.