По результатам камеральных проверок деклараций по НДС за август-октябрь 2006 года инспекция доначислила налоги, пени и штрафы. В июле 2008 года суды отменили решения налоговиков в части начисления НДС в сумме 39 млн рублей и отказа в возмещении 1,7 млн рублей. Общая сумма НДС, подлежащая возврату налогоплательщику из бюджета, составила более 17 млн рублей.

В 2009 году компания изменила место налогового учета. В марте 2012 года она подала заявление в инспекцию о возврате НДС. Инспекция отказала, сославшись на отсутствие сведений о переплате в данных от ИФНС по прежнему месту нахождения. Суд признал действия инспекции незаконными. В июле 2016 года инспекция частично вернула переплату. В октябре 2016 года компания обратилась с заявлением о возврате оставшейся части задолженности. ИФНС отказала в возврате, сославшись на пропуск трехлетнего срока.

Компания считает, что вправе рассчитывать на возврат излишне уплаченного налога, потому что инспекция после решения суда могла возвратить НДС на любой известный расчетный счет налогоплательщика без заявления последнего.

Суды двух инстанций (дело № А03-11135/2017) удовлетворили требования компании. 

Кассация отменила решение судов, поддержав доводы налоговиков, и разъяснив, что в статье 176 НК не определен срок для обращения с заявлением о возврате налога. В то же время бессрочной возможности обратиться за возвратом НК не предоставляет. Следует полагать, что срок истребования суммы НДС в порядке статьи 176 НК не может превышать трех лет.

В заявлении от марта 2012 года налогоплательщик прямо указал на обязанность инспекции возместить налог по ряду дел, что, по мнению суда (постановление кассации Ф04-1024/2018 от 05.06.2018), указывает на осведомленность компании о праве на возмещение налога с даты вступления в законную силу соответствующих судебных актов (25 марта 2008). Таким образом, право на возврат налога могло быть реализовано не позднее 25 марта 2011 года.

Кассация пояснила, что неисполнение налоговой инспекцией указания судов по возврату денежных средств налогоплательщику не изменяет начало исчисления срока на возврат из бюджета излишне уплаченного налога, - с момента, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать, что его право нарушено. Наличие вступивших в законную силу судебных актов не делает бессрочной возможность обратиться за возвратом денег из бюджета.