До 1 июля 2013 года ООО «А» применяло УСН с объектом налогообложения «доходы», а затем перешло на общий режим. В период применения упрощенной системы ООО «А» сдавало в аренду ООО «Р» здание для использования в деятельности по разделке нефтепогружного кабеля. Арендатор решил реконструировать здание в связи с расширением сферы деятельности. Однако ООО «Р» не имело источника финансирования, а ООО «А» могло взять кредит, так как имело в собственности недвижимость для залога.

В связи с этим ООО «А» (агент) и ООО «Р» (принципал) заключили агентский договор на подбор подрядчиков для реконструкции цеха и благоустройства. Принципал обязался компенсировать агенту все расходы. При этом агентский договор не противоречит договору аренды, по которому все расходы, связанные с реконструкцией, несет арендатор, который вправе без письменного согласия арендодателя производить отделимые и неотделимые улучшения. Эти расходы арендодателем не возмещаются, и улучшения являются собственностью арендатора после прекращения договора аренды.

Агентский договор был исполнен, сумма расходов на реконструкцию составила 38,7 млн рублей. Однако в марте 2014 года агентский договор был расторгнут по причине неисполнения принципалом обязательств, и на основании соглашения все созданное в период действия агентского договора перешло в собственность ООО «А», которое заявило вычет в декларации по НДС за 1 квартал 2014 года.

По результатам выездной проверки ИФНС отказала в вычете, доначислила НДС, пени и штраф, указав на неправомерность принятия к вычету при переходе с УСН на общий режим налогообложения НДС, предъявленного в период применения УСН и не отнесенного к расходам (из-за применения объекта налогообложения «доходы»). 

Суды трех инстанций (дело № А55-13700/2017) отменили решение инспекции, разъяснив, что все созданное агентом для принципала является собственностью принципала (пункт 1 статьи 996 и статья 1011 ГК). Только в марте 2014 года - в период применения обществом ОСН - после расторжения агентского договора расходы по реконструкции здания стали собственными расходами налогоплательщика и были отражены в бухучете. При этом основанием для вычета является принятие товаров (работ, услуг) к бухучету.

Именно в 1 квартале 2014 года у налогоплательщика возникли необходимые и достаточные условия для применения вычетов. К тому же, по результатам камеральной проверки, проведенной в 2014 году вычеты признаны обоснованными, указала кассация (Ф06-32774/2018 от 04.06.2018).