Нормами налогового законодательства установлен раздельный учет доходов (расходов) по операциям, облагаемым по разным ставкам по налогу на прибыль, а также в случае, если предусмотрен отличный от общего порядок учета прибыли и убытка (ст. 274 Налогового кодекса). Уменьшение дохода от деятельности, облагаемой по одной ставке, на величину убытков, полученных при определении налоговой базы, облагаемой по иной ставке, нарушает принцип раздельного учета результатов от разных видов деятельности, а также правила переноса убытков.
Налогоплательщики, получившие статус резидента ТОР, применяют пониженные ставки налога на прибыль в части зачисления в федеральный бюджет в размере 0%, и, помимо этого, регионы могут устанавливать пониженные ставки в части зачисления в бюджеты субъектов РФ (п. 18 ст. 284 НК РФ).
Как поясняет Минфин России, убытки, полученные такой организацией в предыдущих налоговых (отчетных) периодах (до получения статуса резидента ТОР), не уменьшают налоговую базу по налогу на прибыль, сформированную резидентом ТОР от деятельности по соглашению, также и в том случае, если резидент ТОР осуществлял эту деятельность до получения соответствующего статуса (письмо Минфина России от 25 июля 2023 г. № 03-03-06/1/69804).