По общему правилу сумма налога, излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика, должна быть возвращена на основании письменного заявления последнего (п. 1 ст. 231 Налогового кодекса). Согласно нормам налогового законодательства, возврат производится налоговым агентом за счет сумм НДФЛ, подлежащих перечислению в бюджет в счет предстоящих платежей. При этом можно использовать не только платежи этого работника, но и других сотрудников, с доходов которых налоговый агент производит удержание налога. Вернуть налог нужно в течение трех месяцев со дня получения налоговым агентом вышеуказанного заявления.
Если суммы налога, подлежащей перечислению в бюджет, недостаточно для возврата излишне удержанной суммы налога в установленный срок, то налоговый агент должен подать соответствующее заявление в налоговый орган по месту своего учета. Сделать это нужно в течение десяти дней со дня получения заявления от работника.
Налоговая служба напоминает, что бюджетным организациям при возврате налога нужно также руководствоваться нормами бюджетного законодательства (гл. 24.1 Бюджетного кодекса) и Порядком учета Федеральным казначейством поступлений в бюджетную систему РФ и их распределения между бюджетами (утв. приказом Минфина России от 18 декабря 2013 г. № 125н).