ФНС рассмотрела ситуацию, изложенную в запросе налогоплательщика: организация применяла ЕНВД, но, как выяснилось в ходе выездной проверки, неправомерно. Данное решение фирма пыталась оспорить в суде, однако безуспешно, то есть, осталась при доначислениях налогов по общей системе, включая НДС. И только потом подала в налоговую уведомление от освобождения от НДС за проверенный период, поскольку выручка за каждые три месяца не превышала 2 млн рублей.

ФНС привела судебные позиции по данному вопросу и призвала руководствоваться ими. Пленум ВАС в постановлении от 30.05.2014 N 33 указывал, что лицам, фактически использовавшим в соответствующих налоговых периодах освобождение от НДС, не может быть отказано в праве на такое освобождение только лишь по мотиву непредставления в установленный срок уведомления и документов.

Аналогичную изложенной в запросе ситуацию рассматривал и ВС, о чем свидетельствует, например, определение от 31.01.2018 N 306-КГ17-15420 (данное решение было приведено в обзорах, составленных как ФНС (здесь), так и ВС (здесь). Налогоплательщик имеет право на подачу уведомления об освобождении от НДС также и после обжалования результатов проверки в судебном порядке при условии, если такое освобождение применялось им фактически (налог не исчислялся и не предъявлялся покупателям) и не истек установленный статьей 78 НК срок возврата (зачета) переплаты по налогу (письмо от 01.10.18 № СД-4-3/19050@).