Организация имеет обособленные подразделения, которые оказывают услуги (поликлиника и общежитие, которые оказывают исключительно освобожденные от НДС услуги), не облагаемые НДС.
При приобретении товарно-материальных ценностей, оказании услуг организация не всегда знает, для каких операций они предназначены.
Как использовать с 01.01.2018 "правило 5%" (в целом по услугам или по каждому виду деятельности, то есть по каждому обособленному подразделению)?

По данному вопросу мы придерживаемся следующей позиции:
1. Так называемое "правило 5%" применяется к расходам по освобождаемым от НДС операциям в рамках деятельности организации (налогоплательщика) в целом.
2. С 01.01.2018 "правило 5%", освобождающее налогоплательщика от ведения раздельного учета НДС, применяется при принятии к учету приобретенных активов только в отношении НДС по активам, одновременно используемым в деятельности, облагаемой НДС и освобожденной от налогообложения.
Однако подобная позиция высказывалась Минфином России и ранее и подкреплялась судебными решениями.
3. Если до 01.01.2018 организация, соблюдая "правило 5%", не вела раздельного учета НДС и принимала к вычету НДС в полном объеме, то по активам, не задействованным до настоящего времени в деятельности, освобожденной от НДС, суммы налога, принятые ранее к вычету, восстанавливать не нужно. Внесенные в п. 4 ст. 170 НК РФ изменения обратной силы не имеют.
Однако, следуя позиции Минфина России, по активам, приобретенным изначально для поликлиники и общежития, налоговый орган может не признать правомерным применение вычетов.

Обоснование позиции:
Согласно абзацу четвертому п. 4 ст. 170 НК РФ суммы НДС, предъявленные продавцами товаров (работ, услуг), имущественных прав (далее - активы) налогоплательщикам, осуществляющим как облагаемые, так и освобождаемые от обложения НДС операции, принимаются к вычету либо учитываются в их стоимости в той пропорции, в которой они (активы) используются для производства и (или) реализации активов, операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения), - по активам, используемым для осуществления как облагаемых НДС, так и не подлежащих налогообложению (освобожденных от налогообложения) операций. Порядок определения указанной пропорции устанавливается принятой в организации учетной политикой для целей налогообложения и с учетом особенностей, установленных п. 4.1 ст. 170 НК РФ.
В соответствии с абзацем седьмым п. 4 ст. 170 НК РФ налогоплательщик вправе не применять положения абзаца четвертого п. 4 ст. 170 НК РФ к тем налоговым периодам, в которых доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию активов, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5% общей величины совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию активов. При этом указанные в абзаце четвертом п. 4 ст. 170 НК РФ суммы НДС, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами товаров (работ, услуг), имущественных прав в указанном налоговом периоде, подлежат вычету в соответствии с порядком, предусмотренным ст. 172 НК РФ.
Следуя формулировке приведенных норм, речь в них идет об активах и затратах на их приобретение в целом по налогоплательщику.
Напомним, налогоплательщиками НДС (применительно к рассматриваемой ситуации) являются организации или лица (опять же организации), признаваемые налогоплательщиками НДС в связи с перемещением товаров через таможенную границу Таможенного союза (абзацы второй, четвертый п. 1 ст. 143 НК РФ). Организацией в целях НК РФ является юридическое лицо, образованное в соответствии с законодательством РФ (российские организации) (п. 2 ст. 11 НК РФ).
Иными словами, для целей налогообложения в целом и главы 21 НК РФ, в частности, обособленное подразделение организации (территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места, - абзац двадцатый п. 2 ст. 11 НК РФ) самостоятельным налогоплательщиком не признается.
Упомянутые Вами изменения были внесены в абзац седьмой п. 4 ст. 170 НК РФ Федеральным законом от 27.11.2017 N 335-ФЗ (далее - Закон N 335-ФЗ) и вступили в силу с 1 января 2018 года.
Итак:
- ранее так называемое "правило 5%" (из буквального его прочтения) распространялось на п. 4 ст. 170 НК РФ в целом. Соответственно, налогоплательщик, имеющий на балансе поликлинику и общежитие и укладывающийся в правило 5% (по расходам на освобожденные от НДС операции), имел право принимать к вычету весь НДС, предъявленный продавцами, включая НДС по активам, приобретенным исключительно для освобождаемых от налогообложения операций;
- с 01.01.2018 "правило 5%" распространяется только на норму абзаца четвертого п. 4 ст. 170 НК РФ. Соответственно, налогоплательщик вправе лишь не делить в определенной им пропорции входящий НДС по активам, приобретенным для использования одновременно в облагаемых и освобожденных от НДС операциях.
Таким образом, с 01.01.2018 суммы НДС, предъявленные продавцами по активам, используемым (в нашем случае) исключительно в общежитии или поликлинике, должны быть учтены в стоимости таких активов. Положения абзаца седьмого п. 4 ст. 170 НК РФ в редакции Закона N 335-ФЗ не позволяют принимать к вычету весь входящий НДС, включая суммы НДС по активам, приобретенным изначально для поликлиники или общежития.
Заметим, что внесенными Законом N 335-ФЗ изменениями в п. 4 ст. 170 НК РФ фактически закреплена позиция, высказывавшаяся и ранее, например, в письмах Минфина России от 05.10.2017 N 03-07-11/65098, от 02.10.2017 N 03-07-11/63926, причем со ссылкой на определение ВС РФ от 12.10.2016 N 305-КГ16-9537. Позиция сводилась к тому, что "правило 5%" применяется только к "смешанному" НДС, а в отношении же НДС по активам, приобретенным для необлагаемой деятельности, НДС к вычету не принимается, в том числе при соблюдении "правила 5%" по расходам на такую деятельность.
Подобная позиция высказывалась судами и ранее, например, в постановлении ФАС Московского округа от 28.06.2013 N Ф05-5944/13 по делу N А40-81453/2012 (определением ВАС РФ от 24.10.2013 N ВАС-14569/13 в пересмотре дела отказано).
Более того, в определении ВС РФ от 24.09.2015 N 304-КГ15-11541 рассматривались судебные решения по ситуации, где к вычету был принят НДС по товарам (работам, услугам), приобретенным для структурного подразделения налогоплательщика, осуществляющего операции, не подлежащие налогообложению (освобожденные от налогообложения). Суды указали, что в случае прямого предназначения товаров (работ, услуг) для санатория-профилактория (структурного подразделения) правило, установленное абзацем седьмым п. 4 ст. 170 НК РФ (в редакции до 01.01.2018), не применяется.
По нашему мнению, с приведенной позицией трудно согласиться, поскольку, как мы отметили выше:
1) в п. 4 ст. 170 НК РФ речь идет о налогоплательщике, то есть организации (юридическом лице) в целом;
2) в абзаце седьмом п. 4 ст. 170 НК РФ (в редакции до 01.01.2018) указывалось на право не применять положения всего п. 4 ст. 170 НК РФ, а не только абзаца четвертого п. 4 ст. 170 НК РФ.
Особо отметим, что ранее аналогичный нашему подход применялся и в арбитражной практике (смотрите, например, постановления АС Северо-Кавказского округа от 25.05.2015 N Ф08-2791/2015 по делу N 32-5345/2014, АС Московского округа от 04.02.2015 N Ф05-16805/2014 по делу N А40-853/2014 (определением ВС РФ от 04.06.2015 N 305-КГ15-4906 отказано в передаче кассационной жалобы по данному делу в СК по экономическим спорам ВС РФ)).
Подобные разъяснения содержались в письме ФНС России от 13.11.2008 N ШС-6-3/827@.
Обращаем Ваше внимание, что нормы п. 4 ст. 170 НК регламентируют учет входящего НДС при оприходовании активов (принятие НДС к вычету или учет в стоимости приобретения). В дальнейшем при отпуске, скажем, со склада в эксплуатацию, вступают в силу другие нормы ст. 170 НК РФ.
Допустим, организация воспользовалась правом не вести раздельный учет входящего НДС и в соответствии с абзацем седьмым п. 4 ст. 170 НК РФ при соблюдении "правила 5%" принимала к вычету весь входящий НДС. Далее организация отпускает ТМЦ с централизованного склада в общежитие и поликлинику. В этот момент вступает в силу норма пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ, согласно которой суммы НДС, принятые к вычету налогоплательщиком по приобретенным активам, в том числе по ОС и НМА в порядке, предусмотренном главой 21 НК РФ, подлежат восстановлению налогоплательщиком в случаях дальнейшего использования таких активов для осуществления операций, указанных в п. 2 ст. 170 НК РФ.
В свою очередь, в пп. 1 п. 2 ст. 170 НК РФ указаны активы, приобретенные и используемые для операций по производству и (или) реализации (а также передаче, выполнению, оказанию для собственных нужд) товаров (работ, услуг), не подлежащих налогообложению (освобожденных от налогообложения).
Один лишь нюанс. В силу абзаца третьего пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ суммы НДС, подлежащие восстановлению в соответствии с пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ, не включаются в стоимость указанных (приобретенных) активов, а учитываются в составе прочих расходов в соответствии со ст. 264 НК РФ. Тогда как абзац второй п. 4 ст. 170 НК РФ (к которому с 01.01.2018 положение абзаца седьмого п. 4 ст. 170 НК РФ не применяется) предполагает учет НДС в стоимости таких активов. Однако опять же в абзаце втором п. 4 ст. 170 НК РФ идет отсылка к правилам п. 2 ст. 170 НК РФ.
Итак, предположим, что на централизованный склад организации завезена спецодежда, приобретенная по цене с НДС: медицинские халаты и утепленные куртки с символикой организации. Ранее (до 1 января 2018 года) при соблюдении "правила 5%" организация имела право (по нашему мнению) принять к вычету НДС по обоим видам спецодежды на основании абзаца седьмого п. 4 ст. 170 НК РФ, не ведя раздельного учета. Между тем в дальнейшем при передаче медицинских халатов в поликлинику суммы НДС по ним, принятые к вычету, должны были быть восстановлены на основании пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ.
С 1 января 2018 года НДС по медицинским халатам, однозначно предназначенным для поликлиники, должен быть учтен в стоимости халатов в соответствии с абзацем вторым п. 4 ст. 170 НК РФ (несмотря на соблюдение "правила 5%" по расходам на освобожденную от НДС деятельность).
Суммы НДС по утепленным курткам все также могут быть приняты к вычету на основании абзаца третьего п. 4 ст. 170 НК РФ. Между тем если в дальнейшем несколько единиц утепленных курток будут переданы в общежитие или поликлинику, то НДС в соответствующей части должен быть восстановлен на основании пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ и учтен в составе прочих расходов в соответствии со ст. 264 НК РФ.
Как указано, например, в письме Минфина России от 05.04.2017 N 03-07-11/20205, восстановление НДС по активам, в дальнейшем используемым для операций по производству и (или) реализации, не подлежащих налогообложению (освобожденных от налогообложения), производится независимо от размера доли совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения). В связи с этим суммы НДС по активам, принятые к вычету в налоговом периоде, в котором налогоплательщик имел право не вести раздельный учет сумм налога в соответствии с абзацем седьмым п. 4 ст. 170 НК РФ, подлежат восстановлению в случае дальнейшего использования этих активов для операций, не подлежащих налогообложению (освобожденных от налогообложения) (смотрите также письмо Минфина России от 27.06.2017 N 03-07-11/40358).
Здесь же заметим, что для принятия к вычету НДС важен не столько факт фактического использования приобретенных активов в деятельности, облагаемой НДС, сколько намерение налогоплательщика.
В частности, в постановлении Президиума ВАС РФ от 03.05.2006 N 14996/05 указано, что нормами главы 21 НК РФ не установлена зависимость вычетов НДС при приобретении товаров (работ, услуг) от фактического исчисления налога по конкретным операциям, для осуществления которых они приобретены. На данное постановление Президиума ВАС РФ до настоящего времени ссылаются арбитражные суды (смотрите, например, постановление АС Уральского округа от 25.12.2017 N Ф09-7855/17 по делу N А60-14777/2017).
При этом АС Западно-Сибирского округа в постановлении от 07.12.2015 N Ф04-27771/15 по делу N А46-2573/2015, поддерживая апелляционную инстанцию, указал помимо прочего, что основанием для отказа в применении вычетов по НДС может быть лишь приобретение товаров (работ, услуг) заведомо для операций, не являющихся объектами налогообложения.
В заключение отметим, что в соответствии с п. 2 ст. 5 НК РФ акты законодательства о налогах и сборах, в том числе устанавливающие новые налоги, устанавливающие новые обязанности или иным образом ухудшающие положение налогоплательщиков, обратной силы не имеют.
Полагаем, что указанное правило в полной мере распространяется на изменения, внесенные в п. 4 ст. 170 НК РФ Законом N 335-ФЗ. Иными словами, НДС, принятый к вычету по товарам (иным активам), приобретенным до 01.01.2018, в связи с внесенными изменениями в п. 4 ст. 170 НК РФ восстанавливать нет необходимости.
Однако при этом еще раз напомним, что, если руководствоваться приведенной выше позицией Минфина России (подкрепленной ссылками на судебные решения), по активам, изначально приобретенным для нужд поликлиники и общежития, налоговый орган может признать неправомерным применение вычетов, что потребует внесение изменений в налоговые декларации.

Рекомендуем также ознакомиться с материалами:
- Энциклопедия решений. Раздельный учет по НДС при наличии необлагаемых операций;
- Энциклопедия решений. Случаи отнесения сумм входящего НДС на затраты. Восстановление вычетов по НДС;
- Энциклопедия решений. Организация раздельного учета НДС;
- Энциклопедия решений. Ситуации, когда раздельный учет НДС не ведется ("правило 5%");
- Энциклопедия решений. Раздельный учет НДС при совмещении экспортных и внутренних операций.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Гильмутдинов Дамир

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
профессиональный бухгалтер Родюшкин Сергей

24 апреля 2018 г.

Материал подготовлен на основе индивидуальной письменной консультации, оказанной в рамках услуги Правовой консалтинг.