В 2011-2013 годах предприниматель применяла УСН с объектом обложения «доходы минус расходы».

По результатам проверки налоговая указала на утрату права на УСН с 1 апреля 2012 года из-за превышения лимита по доходам и доначислила налоги по общей системе. Доначисляя НДС, инспекция решила, что права на вычет у ИП не возникло, сославшись на то, что вычеты должны быть заявлены в декларации. Представленные предпринимателем копии счетов-фактур контрагента с выделенной суммой НДС учтены не были.

Предприниматель обратилась в суд, поясняя, что декларации по НДС не представлены, поскольку она считала себя плательщиком УСН. При этом достоверность счетов-фактур поставщика и право на вычет инспекция не оспаривает, а доначисление НДС не соответствует действительным обязанностям налогоплательщика.

Суд первой инстанции (дело № А35-5026/2016) решение налоговой поддержал.

Апелляция с ним не согласилась, указав на формальное применение налоговой и судом пункта 2 статьи 173 НК (о возмещении налога в случае превышения вычетов над исчисленной суммой налога к уплате). В решении апелляции указано: «исчисляя НДС при переквалификации хозяйственных операций, налоговый орган должен учесть право налогоплательщика на налоговые вычеты (подтверждаемое отражением сумм НДС в первичной документации, счетах-фактурах) вне зависимости от наличия соответствующих деклараций налогоплательщика».

Кассация (Ф10-5632/2017 от 07.02.2018) поддержала выводы апелляции.