belchonock / Depositphotos.com

В соответствии с п. 1.1 ст. 172 Налогового кодекса налоговые вычеты по НДС могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком на территории РФ товаров (работ, услуг) или товаров, ввезенных им на территорию России (письмо Минфина России от 4 сентября 2018 г. № 03-07-11/63070).

В то же время, вычеты сумм налога, предъявленных продавцами налогоплательщику при приобретении (уплаченных при ввозе) ОС, оборудования к установке и (или) НМА, в п. 2 и п. 4 ст. 171 НК РФ, производятся после принятия на учет данных основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов в полном объеме.

Таким образом, принятие к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), нормам НК РФ не противоречит, за исключением основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов.