В июне 2013 года ООО «С» по результатам открытого аукциона приобрело рыболовный траулер, перечислило продавцу почти 30 млн рублей и заявило вычет в декларации по НДС. Имущество передано покупателю по акту приема-передачи и зарегистрировано за покупателем. Однако счет-фактура выставлен не был. После сделки поставщик был реорганизован. 

Компания пояснила, что несмотря на неоднократные обращения к продавцу был получен отказ в выдаче счета-фактуры. Для защиты своих прав компания обратилась в суд с требованием о понуждении продавца выдать счет-фактуру. Правопреемник представил счет-фактуру, в котором отсутствовали подписи руководителя и главного бухгалтера продавца.

По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в вычете, сославшись на отсутствие счета-фактуры, оформленного в установленном порядке.

Суд первой инстанции (дело № А51-14757/2017) поддержал решение инспекции, указав, что действия по понуждению выдать документ совершены после подачи декларации и получения акта камеральной проверки.

Апелляция и кассация отменили решение суда, указав, что представленные компанией документы позволяют налоговой проверить обоснованность вычетов, а также идентифицировать продавца. При этом отказ в удовлетворении требований может привести к утрате права на возмещение ввиду истечения трехлетнего срока, установленного пунктом 2 статьи 173 НК.

Кассация (Ф03-1719/2018 от 31.05.2018) отметила: «бездействие контрагента по невыставлению счета-фактуры не может служить непреодолимым препятствием для получения вычета по НДС добросовестным налогоплательщиком».