В письме от 20 февраля 2018 г. N 03-07-11/50590 Минфин рассказал об исчислении НДС организацией, применяющей УСН.

Такие организации не признаются плательщиками НДС, кроме подлежащего уплате при ввозе товаров в РФ, а также уплачиваемого в соответствии со статьями 161 и 174.1 НК.

При реализации товаров (работ, услуг) к оплате покупателю соответствующую сумму НДС обязаны предъявлять только налогоплательщики НДС.

Таким образом, организации на УСН, не являющиеся налогоплательщиками НДС, при реализации покупателю НДС не предъявляют. Если НДС предъявлен лицу, не являющемуся плательщиком НДС, он включается в стоимость товаров (работ, услуг).